Sin embargo, parece ser que sólo en 1872 entra a funcionar en forma permanente, debido a una violenta epidemia de viruela, cuando no estaba aún terminado, ni menos habilitado. Su nombre original fue “Lazareto de El Salvador”, según consta en los libros de hospitalización de las “Hermanas de la Caridad” religiosas, que lo dirigían en sus primeros años, pasando más tarde a recibir el nombre que actu
almente tiene. En los primeros años de funcionamiento el hospital atendía a enfermos en epidemias de viruela, fiebre tifoidea, tuberculosis y otras enfermedades infectocontagiosas. Sólo a partir de 1929, se dedica a la atención de tuberculosos, creándose los Servicios de Tisio- Medicina, Radiología, Anatomía Patológica, Cirugía y Laboratorio. En 1930 el Hospital San José fomenta la creación de la Sociedad de Tisiología, que lidera las acciones contra la TBC por muchos años. El equipo quirúrgico de ese tiempo, realizaba intervenciones vinculadas a la especialidad, liderando también la cirugía de tórax de la época. En ese periodo el hospital llegó a tener una dotación de 400 camas para enfermos de tuberculosis. Como centro especializado en ese tema, fue pionero en la investigación y puesta en marcha de medidas preventivas como la BCG y terapéuticas como la quimioterapia y cirugía de tórax.
