En la época prehispánica el territorio del actual municipio de Amealco estaba muy poblado de vegetación en la que predominaban las coníferas (cedros, pinos); existiendo además: encinos, madroños. eucaliptos, sabinos, sauces, capulines, tejocotes, etc. que hacían del municipio una región boscosa; ideal para el establecimiento de grupos otomíes; quienes aún habitan este lugar; conservando sus costumbres y tradiciones ancestrales.
Es muy probable que los Otomíes hayan tenido contacto con los Toltecas debido a la cercanía de este lugar con los sitios donde habitaron aquellas culturas, lo que se puede manifestar en una zona arqueológica que se encuentra en San Ildefonso Tultepec, conocida con el nombre de “El Cuisillo”. Tal parece y según las costumbres de estos lugares, llaman Cuisillo a un montón de piedras. Ahí se encuentran varios promontorios cubiertos de vegetación que al ser descubiertos han sido saqueados para llevarse las piedras, sin saber que se trata de algunos edificios prehispánicos.
Se presume que fueron los conquistadores indígenas Fernando de Tapia (Conín) y Nicolás de San Luis Montañez quienes conquistaron estas tierras, como parte de las expediciones que realizaron a San Juan del Río a Huimilpan, Querétaro y zonas de Acámbaro.
El primer asentamiento humano en estas tierras se estableció en el pozo de Bosdá, donde se construyó una calle a la que bautizaron con el nombre de Jalpan, que quiere decir: Xalli, arena y Co, Lugar, es decir lugar sobre arena. Por lo que se deduce que al haber muchos manantiales por donde corre agua cristalina, se observa que en el fondo existe arena con reflejos metálicos.
Posteriormente, en el año de 1820 se instaló en este lugar un grupo de españoles o franceses que explotaron los bosques y fundaron una calle de 200 metros de longitud aproximadamente, a la que llamaron Calle Real. Construyeron sus casas con adobe, terrados y teja roja.
Los habitantes de Amealco han participado en varios sucesos históricos de nuestra patria, como lo comprueba el hecho de que en la Guerra de Independencia, existieron varios caudillos que reunieron tropas para luchar contra los peninsulares, buscando la libertad del país. Tal es el caso de Policarpo Cañas, Hilario Pérez y Victoriano Reséndiz.
En la época de la Revolución Mexicana, el municipio fue escenario de varios combates entre los grupos revolucionarios, habiéndose realizado en esta población varias batallas entre Villistas, Carrancistas y Zapatistas pues contaban que cuando los combates eran por las tardes o por las noches, a la mañana siguiente se encontraban tirados en los solares de las orillas de la población, los uniformes y fusiles de varios guerrilleros que aprovecharon la oscuridad para desertar de las filas del ejército al que pertenecían.
Se cuenta que en la época de la revolución, las tropas que estaban acantonadas en la Cabecera Municipal practicaban la “leva”; llevándose a los jóvenes y hombres adultos en acordadas para aumentar el efectivo de sus tropas, dejando a los padres, esposas o hijos sumidos en la más grande desesperación, ya que muchas veces no volvían a ver a sus familiares que habían sido aprehendidos.
En la época de los rebeldes hacia 1937, hicieron una de varias entradas a esta Cabecera Municipal los levantados en armas, quienes venían buscando a las autoridades y maestros por aquello del Artículo Tercero Constitucional, en lo que respecta al laicismo, ya que les habían hecho entender que ese precepto estaba en contra de la religión. Al llegar al pueblo, se dirigieron inmediatamente a La Presidencia Municipal en busca de las autoridades, quienes al escuchar los truenos de los balazos que venían disparando los rebeldes, huyeron; y cuando éstos llegaron encontraron el edificio vacío; por lo que al encontrase el castillo en la entrada de la Presidencia ( se cree que un 8 de diciembre) le prendieron fuego; mismo que se prolongó alcanzando a consumir gran parte del archivo municipal, depositario de una gran parte de la historia del pueblo.
Amealco adquirió su calidad de Municipio el 8 de abril de 1941.
