Національний історико-культурний заповідник «Чигирин» створений 7 березня 1989 р. згідно з Постановою Ради Міністрів УРСР № 77 «Про оголошення комплексу пам'яток історії, культури та природи міста Чигирина, с. Суботова і урочища Холодний Яр у Черкаській області Державним історико-культурним заповідником» з метою вивчення, збереження та відтворення національно-культурної спадщини та пам'яток природи одного з своєрідних регіонів України – Чигиринщини.
Основними завданнями заповідника визначено:
• виявлення, дослідження та охорона пам'яток історії, культури та природи району;
• збереження та відновлення історико-культурного середовища пам'яток і пам'ятних місць у межах заповідника;
• популяризація та ефективне використання в науково-дослідній, науково-освітній, експозиційній роботі пам'яток та музейних колекцій регіону;
• відродження народних промислів;
• створення умов для туризму та відпочинку відвідувачів заповідника.
25 вересня 1995 р. року, під час відзначення 400-річчя від дня народження Богдана Хмельницького Указом президента України заповіднику було надано статус національного.
Історико-культурний потенціал заповідника унікальний. Тут зберігаються пам'ятки різних часів, але найбільша частина їх пов'язана з історією козацтва та становленням державності українського народу.
Чигирин – перша столиця України часів гетьмана Богдана Хмельницького, с. Суботів – його родинний маєток.
Чигиринщина була одним із центрів гайдамацького руху. Мотронинський монастир в Холодному Яру відіграв ключову роль у повстанні гайдамаків – Коліївщини, яке охопило значні території Правобережної України. Холодноярська республіка часів визвольних змагань поч. ХХ ст. – окрема сторінка славетної історії Чигиринського краю.
Національний історико-культурний заповідник «Чигирин» послідовно здійснює реставрацію та відтворення історичних пам'яток.
• Протягом 1992-1994, 1996-2000 рр. були проведені 2 черги робіт по реставрації Іллінської церкви – пам'ятки архітектури XVII ст. національного значення. В 1995 р. на основі архівних матеріалів відновлено її первісний іконостас.
• У м. Чигирині була завершена І-ша черга відбудови бастіону Дорошенка – частини середньовічної Чигиринської фортеці.
• В 1994-1995 рр. проведені роботи по відтворенню комплексу «Присутственних місць» (повітової управи) кінця XVIII – початку XIX ст. (проект архітектора І. Кедріна). В будинках комплексу розміщено музей Б. Хмельницького та службові приміщення НІКЗ «Чигирин».
• В 1995 р. на місці козацького цвинтаря XVII ст. побудовано каплицю Святої Покрови (проект архітектора С. Кілессо), яка стала окрасою історичного центру Чигирина.
• Протягом 2000-2003 рр. проводилась III черга реставраційних робіт: в с. Суботів зведена підпірна стіна Замчища Б. Хмельницького, реставрована пам'ятка гідрології та історії «Три криниці», в с. Стецівка здійснено реконструкцію млина та будинків етнографічного комплексу «Козацький хутір», завершуються роботи по відтворенню козацької дерев'яної церкви Святого Миколая XVIII ст.
У заповіднику працює 5 музеїв:
• музей Богдана Хмельницького в Чигирині
• археологічний музей в Чигирині,
• історичний в с. Суботів,
• краєзнавчий – в с. Медведівка,
• етнографічний музей «Українська хата кін. XIX-поч. ХХ ст.» – в с. Стецівка.
Ведуться роботи по створенню нових музеїв та музеєфікованих комплексів:
• в Чигирині — музею зброярства в башті Дорошенка на Богдановій горі,
• в Стецівці — музею млинарства просто неба,
• в Суботові — музейного павільйону над підмурками будинку Б.Хмельницького;
• в Холодному Яру — по музеєфікації залишків житла та зовнішнього оборонного валу і рову Мотронинського городища скіфського часу.
Територія заповідника складається з 18 ділянок заповідника та 5 ділянок окремих пам'яток, що розташовані за межами заповідника, і становить 1249,65 га. Його території, межі та охоронні зони визначені Генеральною схемою зон охорони Чигиринського історико-культурного заповідника (1991 р.) та Генеральним планом розвитку Національного історико-культурного заповідника «Чигирин», розробленим Державним науково-дослідним інститутом теорії та історії архітектури і містобудування (2001 р.).
Ділянки заповідника мають різне призначення:
• території та охоронні зони пам'яток,
• адміністративні приміщення, музеї, виробнича база заповідника;
• території майбутніх туристсько-рекреаційних об'єктів.
У заповіднику працює 1 філіал, 10 наукових відділів та 1 науковий сектор:
• Філіал «Холодний Яр»;
• науково-дослідний відділ охорони пам'яток історії, культури та природи;
• науково-дослідний відділ масово-освітньої роботи;
• відділ фондів;
• відділ відродження народних промислів зі студією «Творчість»;
• відділ комп'ютерного програмування;
• відділ ландшафтно-паркової архітектури «Богданова гора»;
• відділ «Музей Богдана Хмельницького»;
• відділ «Суботівський історичний музей»;
• відділ «Стецівський етнографічний музей»;
• відділ «Археологічний музей»;
• сектор археологічних досліджень.
У заповіднику є наукова бібліотека, в якій сьогодні нараховується вже близько 4,5 тисяч одиниць, та науковий архів. Роботу наукових відділів заповідника забезпечують фінансово-економічний відділ та великий господарчий відділ, який має сучасну матеріально-технічну базу, необхідний парк автотранспорту і технічне устаткування.
